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現在の問題
最大のガラパゴスの問題は、深刻な人口増加です。エクアドル移住改革憲法により、この事は最小限に抑えられているにも関わらず問題は解消されません。それによって人口密集地域のごみや廃棄物が環境の汚染に与える影響は大きく、それらを避けるために管理する必要があります。
一部の島周辺で海流の複雑なシステムによって沿岸に無機廃棄物が蓄積したり、島に住むローカルの人間活動、さらには観光関連の活動によって大量のゴミが蓄積します。特にプラスチックのような材料(自然リサイクルが不可能な無機廃棄物)によっては重大な生態系の変化を引き起こす結果となります。

また、かつては小さな規模で、地元の人々が供給する為だけに漁業が行われていたものの、今では主にアジアからの国際的な需要からガラパゴス海洋保護区内でありながらも密輸としてナマコ、サメ(主にサメヒレ)、マグロ、ロブスターの不法操業が後を絶ちません。
人間の存在
ガラパゴスは大陸から孤立した場所にあるゆえん、世界稀見る唯一の生態系を維持しています。
しかし、この原始的な状態と自然のバランスは非常に脆弱で人間の存在によっては簡単に破壊されうるものです。その為、島の97%は国立公園として指定され、僅か3%が人が住む事の出来る居住区となっています。
観光はエクアドル、ガラパゴスにとっても主な収入源であります。 現在、約120,000人が年間にガラパゴスに訪れています。
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